Vuonna 1995 Kari Kropsu aloitti opinnot Sibelius-Akatemian kapellimestariluokalla. Opettajikseen hän sai Jorma Panulan, Eri Klasin, Atso Almilan ja Leif Segerstamin.

Vuonna 1998 Kari Kropsu valittiin Jorma Panulan kansainväliselle kapellimestarikurssille, joka pidettiin New Yorkin Carnegie Hallissa; samoin hän osallistui Tanglewoodin kapellimestarikurssille, opettajinaan Jorma Panula, Seiji Ozawa ja André Previn; tämäkin kurssi oli Yhdysvalloissa.

Orkesterinjohdon A-tutkinnon Kari Kropsu suoritti myös vuonna 1998, jolloin hän johti Kansallisoopperan Alminsalissa Sibelius-Akatemian Oopperan produktiot "Suor Angelica" ja "Gianni Schicchi".

Kansallisoopperaan Kari Kropsu kiinnitettiin balettikapellimestariksi vuonna 2000. Hän sai johdettavakseen useita baletin ensi-iltoja, alkaen John Crankon "Oneginilla" ja päättyen Glen Tetleyn "Oracleen" ja "Pierrot Lunaireen" vuonna 2003. Tämän jälkeen Kari Kropsu oli usein käytetty vierailija, mm. Vladimir Bourmeisterin "Joutsenlampi", Sylvie Guillemin "Giselle" ja Ben Svenssonin "Tuhkimo", jonka esitykset hän johti myös Kansallisbaletin vierailulla Cagliarin Teatro Liricossa keväällä 2005.

Vuonna 2001 Kari Kropsu sai Wagner-kulttuuriyhdistyksen stipendin Bayreuthin musiikkijuhlille. Vuonna 2006 hän johti Kansallisoopperassa Wagnerin Parsifal-oopperan esityksen sekä Aulis Sallisen Punaisen Viivan esityksiä keväällä 2008. Oopperan Wagner Ring-tetralogiassa hän toimi apulaiskapellimestarina.

Vuonna 2000 Kari Kropsu johti Juha T. Koskisen oopperan "Eukko" kantaesityksen Ooppera Skaalan produktiossa Alminsalissa. Keväällä 2004 oli vuorossa William Waltonin ooppera "Karhu" Suomalaisen Kamarioopperan tuottamassa produktiossa, tämä niinikään Kansallisoopperan Alminsalissa.