Pertti Eerola aloitti muusikon uransa seitsenvuotiaana pianonsoitolla ja hiukan myöhemmin urkujensoitolla. Tukholma-Helsinki-pianokilpailuissa 1969 hän voitti 1. palkinnon.

Sibelius-Akatemian oppilaaksi hän tuli 1967; pianonsoittoa hänelle opetti prof. Tapani Valsta ja urkujen soittoon hänet perehdytti prof. Tauno Äikää. Pertti Eerola valmistui kirkkomuusikoksi 1971, pianonsoiton opettajaksi 1974; ylemmän kanttori-urkurin tutkinto valmistui samana vuonna.

Urkudiplomi ja ensikonsertti olivat edessä 1973, jonka jälkeen Pertti Eerolan opinnot jatkuivat Wienin Musiikkiakatemiassa Suomen Kulttuurirahaston ja Wihurin apurahojen turvin 1975-1976. Häntä opettivat tuolloin prof. Dieter Weber, Liedpianisti Erik Werba ja Noel Flores. Pianodiplomi ja pianoensikonsertti seurasivat Helsingissä 1978.

Pertti Eerola on täydentänyt opintojaan mm. Georgy Sebökin, Barbara Hesse-Bukowskan, Ernö Dzegedin, Irwin Gagen ja Guy Bovetin mestarikursseilla. Maj Lind-pianokilpailuissa 1973 hänet palkittiin parhaana Bach-tulkitsijana; vuoden 1976 Maj Lind-kilpailuissa hän sai niinikään tunnustuspalkinnon.

Lied-pianistina Pertti Eerola on konsertoinut mm. Martti Talvelan, Jouko Heikkilän, Aulikki Eerolan, Jorma Hynnisen ja Jaakko Ryhäsen kamarimusiikkikumppanina. Pertti Eerola on niinikään toiminut mm. Lappeenrannan laulukilpailujen, Timo Mustakallio-kilpailun ja Hugo Wolf-kilpailun virallisena pianistina. Konsertteja hän on antanut pianosolistina, urkurina ja kamarimuusikkona kotimaan lisäksi useimmissa Euroopan maissa, Yhdysvalloissa, Kiinassa ja Singaporessa.

Pertti Eerolalle on kertynyt yli 30 CD-tallennetta, mm. Martti Talvelan, Soile Isokosken, Peter Lindroosin, Jouko Heikkilän sekä Aulikki Eerolan kanssa. Hän on toiminut levytyksissä pianistina, urkurina tai kapellimestarina. Johanneksen Kamariorkesterin ja -kuoron kanssa levyjä on myös syntynyt useita.

Pertti Eerola on toiminut korrepetiittorina Suomen Kansallisoopperassa ja Savonlinnan Oopperajuhlilla 1975-1984. Sibelius-Akatemian tuntiopettajana hän on ollut 1984 lähtien.

Pertti Eerola on konsertoinut useilla eri musiikkijuhlilla, joista poimittakoon Kuhmon Kamarimusiikki, Wienin ja Helsingin Juhlaviikot, Viron David Oistrach-festivaali, Turun, Naantalin ja Kangasniemen Musiikkijuhlat, Espoon Urkuyö ja Aaria sekä Lahden kansainvälinen Urkuviikko. Konserttien kokonaismäärä ylittää 2.000.

TV- ja radionauhoituksia sekä konsertteja Eerolalla on vuodesta 1970 alkaen ollut YLEn lisäksi useiden Euroopan maiden radioissa.

Helsingin Johanneksenkirkon urkurin virkaa Pertti Eerola on hoitanut 1982 lähtien, toimien samalla perustamiensa Johanneksen Kamariorkesterin ja Kamarikuoron kapellimestarina.

Dir.mus.-arvo hänelle myönnettiin 1982.